ニセコ薬師温泉旅館は北海道磯谷郡蘭越町にあった温泉旅館。

ニセコ薬師温泉は1891（明治24）年に発見。浴槽の直下から温泉がわき出す源泉掛け流しで、日本三大秘湯の一つとも言われていた。月に2日だけ湯色がマリンブルーに変色する不思議な性質があった。

ニセコ薬師温泉旅館はニセコ薬師温泉の一軒宿で、全13室木造2階建て建物だった。日帰り入浴を楽しむこともでき、入浴料は大人・小人300円、幼児200円だった。

2014年3月に積雪により建物一部が倒壊。浴室には影響なかったため一旦は営業が続けられたが、2014年5月30日に閉館した。

機械警備が導入され、無断侵入禁止の張り紙がされていたが、建物は崩壊が進み2017年3月には大きくへしゃげた状態となっていた。

2022年までに解体。