佐伯海軍航空隊指揮所跡は大分県佐伯市にある戦争遺構。

佐伯海軍航空隊は日本海軍の部隊の一つで、1931（昭和6）年8月に設置が決定され、女島沖・長島一帯、濃霞（のおか）山周辺まで約四十万坪もの広大な区域が海軍航空隊の用地として整備された。

1934（昭和9）年2月15日に佐伯海軍航空隊として正式に開隊、飛行場が設置され、西側の中江川沿いにには戦闘機の格納庫・指揮所が並んだ。1941（昭和16）年11月には、ハワイ真珠湾攻撃に先立ち佐伯湾で連合艦隊の統一訓練が行われている。

1945（昭和20）年頃には米軍の空襲が激しくなり、待機中の戦闘機を爆撃から守るため掩体壕が建設された。

現在、株式会社興人敷地内に指揮所跡が見られるほか、掩体壕跡、弾薬庫跡、隊門跡が残る。

また跡地の一部に建てられた「佐伯市平和祈念館やわらぎ」では佐伯海軍航空隊の資料が展示されている。